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深海科学研究部下设深海生物学研究实验室、深海地质与地球化学研究实验室、深海地球物理与资源研究实验室、大洋环流观测与数值模拟研究实验室、深海极端环境模拟研究实验室研究实验室和地外海洋系统研究实验室。海洋哺乳动物与海洋生物声学研究实验室、分析测试中心等8个基础研究单位。深海研究所拥有海洋科学一级学科（二级学科：物理海洋学、海洋生物学、海洋地质学）和机械工程一级学科（二级学科：机械电子工程），以及信息科学电子学硕士学位课程。

城市环境研究所现有城市环境与健康研究所重点实验室和城市污染物转化研究所重点实验室两个重点实验室，以及中国科学院区域大气环境卓越研究创新中心科学系；五个研究中心； 3个厦门市级重点实验室、研究中心等

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广州地球化学研究所现有有机地球化学、同位素地球化学2个国家重点实验室，边缘海与大洋地质、矿物学与成矿、环境资源利用与保护、矿物物理与矿物学2个中国科学院重点实验室。拥有2个广东省材料研发重点实验室、国家大科学仪器中心广州质谱中心，以及化学地球动力学、粤港澳大湾区环境污染研究与开发等2个与香港的联合实验室。控制。

中国科学院城市环境研究所成立于2006年7月4日，是目前世界上唯一专门从事城市环境综合研究的国家级研究机构。它位于美丽的南部沿海城市厦门。还招收物理海洋学、海洋生物学、海洋地质学、海洋生态学、环境科学等学术型硕士，以及环境工程、地质工程、生物技术、工程学等专业硕士。

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